2000-talet inleddes med att Agneta Lindblom Hulthén och Arne König, båda med titeln frilans, valdes till ordförande och vice ordförande i SJF. Frilans Riks ordförande Anna Holmgren var också nominerad. Arne König var ordförande för Frilans Riks i slutet på 1980-talet. Både Agneta och Arne satt i förbundsstyrelsen i flera år.
Kongressen 2002 tog, med stöd från Frilans Riks, beslut att medlemskap i Servicebolaget skulle vara obligatoriskt för förbundets frilansmedlemmar. Tanken var att stärka Servicebolagets ställning. Egentligen hade få frilansare anslutit sig till bolaget och kongressbeslutet vållade protester i frilansledet. Flera medlemmar valde att lämna förbundet. Servicebolaget kontrade med att bjuda på miniräknare och rabatterade kurser. Samtidigt kom larmrapporter om dumpade priser på frilansmarknaden och färre inköpare, mer likriktade mediaprodukter etc. En utveckling som sedan accelererade.
Stockholms frilansklubb (nuvarande Mälardalens frilanssektion) tog våren 2003 initiativ till ett mentorprogram för att ge stöd och hjälp till nya frilansar.
Under hösten 2003 hoppade två ledamöter av Frilans Riks styrelse av, både kassören och webbredaktören. Personliga spänningar och samarbetssvårigheter, rapporterade Journalisten. Samtidigt låg medlemsantalet på 1 848 (motsvarande drygt tolv procent av de yrkesverksamma medlemmarna i förbundet).
Ytterligare interna strider drabbade FR under vintern och inför årsmötet 2004 meddelade ordförande Fredrik Nejman att han skulle avgå, dock inte på grund av striderna som bland annat handlade om hur klubbidragen skulle fördelas. Dåvarande Stockholms frilansklubb och Södra hade motsatta uppgifter gällande bidragen. Stockholm kände sig orättvist behandlat av omfördelningsprincipen.
Det gick så långt som att Stockholms frilansklubbs årsmöte i mars 2004 tog beslut om att begära utträde ur Frilans Riks om man inte fick behålla mer av klubbavgifterna. Vid samma årsmöte beslutade Stockholmsklubben också att byta namn till Mälardalens frilansklubb.
Stockholm tänkte sig att istället gå upp i Ekendistriktet men några förhandlingar med Eken hade inte skett. Alla förväntade sig en stor strid på Frilans Riks årsmöte i slutet av mars. Så blev det inte. Visserligen ansåg Södra frilansklubben att FR-styrelsens förslag till system för klubbidrag gynnade Stockholm men på årsmötet ställde sig Södra bakom styrelsens förslag. Det kom dock ett tillägg att det nya systemet skulle införas över en tvåårsperiod.
Bakom kulisserna hade Journalistförbundets ordförande Agnetha Lindblom Hulthén och vice ordförande Arne König ryckt i trådarna och haft nattliga möten med företrädare för Södra och Västra frilansklubbarna.
Det ansågs vara viktigare att hålla ihop frilansorganisationen än att käbbla om några tusenlappar, inte minst eftersom det pågick en avtalsrörelse med hårda förhandlingar med arbetsgivarsidan.